В августе 2008 года он принимал участие в боевых действиях против грузинской армии, вторгшейся в Южную Осетию. Совершил несколько боевых вылетов. В боевом вылете 11 августа 2008 года западнее Цхинвали самолёт СУ-24М был сбит ракетой наземного зенитного комплекса. Экипаж в составе командира корабля полковника Сторожука и штурмана подполковника Богодухова благополучно катапультировался и приземлился в расположении российских войск.
Владимир Иванович участник ликвидации аварии на Чернобыльской АЭС, участник двух чеченских компаний. Он награждён орденами Мужества, «За военные заслуги», медалью «За боевые заслуги», другими медалями. Ему присвоено звание «Заслуженный военный штурман Российской Федерации».
В настоящее время полковник Богодухов проживает в Липецке, продолжает службу в Центре боевого применения и переучивания лётного состава ВВС, был депутатом Государственной Думы 7 – го созыва. Член Липецкого Регионального Политического Совета партии «Единая Россия».
В прошлом году Владимир Иванович посетил свою малую родину. В с. Давыдовка снимали фильм о Герое России.